中心依托所在的法人单位山东大学口腔医院建立，中心与依托单位及其主管部门的隶属关系不变，中心所在的法人单位是平台建设的责任主体。中心实行主任负责制，主任由院长葛少华担任，全面负责研究中心的日常工作和科学研究。中心主任对上向上级主管机构或科学委员会汇报并受到监督，其对中心的日常事务具有最终审批权。

中心设立战略咨询委员会、管理委员会、学术委员会和伦理委员会。战略咨询委员会由两院院士和国内口腔医学领域及相关学科知名专家学者组成，对中心的战略规划、研究方向、重点任务及协同网络建设等提供战略咨询指导；管理委员会负责统筹临床医学研究中心的建设工作；学术委员会负责中心临床研究工作的总体规划、研究选题、成果评估和临床研究过程监督；伦理委员会负责论证中心转化研究涉及的医学伦理及生命伦理问题，对涉及人体或人体标本的项目进行伦理审查和批准，并提供咨询服务。

管理委员会领导下的工作小组，直接负责中心的日常行政管理工作和工作计划制定并组织实施，协调中心下属临床研究团队、临床研究执行团队、综合办公室、生物样本库、数据信息与质量控制部、GCP办公室等各部门的工作。临床研究团队由中心各研究方向骨干成员、各临床科室主任和迈尔、沪鸽等协同网络成员单位负责人组成，负责口腔学科群的日常临床服务和疾病质量控制，完善学科的管理规章、医疗规范和医疗质量管理体制的建立及督察；在省科技厅和卫健委的指导下，开展临床诊疗关键新技术攻关，诊疗指南和临床路径的制定和修订工作，并在全省乃至全国医疗机构的协同网络中推广；依托协同创新网络，开展创新药物、材料和器械的研发工作，并开展多中心、高质量的临床研究进行转化前的临床验证，实现国产口腔药械耗材的产业化，推动临床转化。研究执行团队由从事临床研究的专职人员组成，负责临床研究的具体执行工作。综合办公室负责中心的日常行政事务。生物样本库成员负责样本的采集、处理工作。数据信息与质量控制部，由专职从事信息网络、数据采集、质量控制的保障人员组成，负责中心的信息保障与开展独立的质量控制工作。GCP办公室依托于现有部门，全面负责临床试验质量管理工作。